北京畜牧獸醫(yī)研究所豬基因組近交系數評估取得新(xīn)進展

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2020-05-07 14:11:00 來源：中(zhōng)國(guó)農業科(kē)學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所

近日，牧醫(yī)所豬遺傳育種創新(xīn)團隊在豬基因組近交系數評估上取得新(xīn)進展，為(wèi)豬的育種保種工(gōng)作(zuò)和避免實際育種中(zhōng)的近親交配提供了參考依據。

　　據介紹，連續純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代将同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計算的基因組近交系數是個體(tǐ)真實的近交系數，它比傳統系譜計算的期望近交系數更加準确，而且不再依賴于系譜記錄的準确性和完整性，能(néng)準确地反映兩個配子間的關系。

　　研究針對2569個大白豬共檢查到176182個ROH，其中(zhōng)ROH數目最多(duō)的染色體(tǐ)為(wèi)6号，最少的為(wèi)12号，而覆蓋率最高為(wèi)14号，最低的為(wèi)13号。研究進一步發現，檢測到的ROH并非均勻分(fēn)布在基因組上，通過ROH計算的平均基因組近交系數為(wèi)0.14，而系譜為(wèi)0.011，兩者的相關系數為(wèi)0.35，并在ROH富集的基因組區(qū)段注釋到與大白豬繁殖性狀、肌肉發育和脂肪沉積相關的基因，如： SIRT1 、 MYPN 、 SETDB1 和 PSMD4 ，為(wèi)鑒定候選基因提供了有(yǒu)效的方法。

　　研究成果已發表在農林科(kē)學(xué)1區(qū)和奶制品與動物(wù)科(kē)學(xué)1區(qū)的《Journal of Animal Science and Biotechnology》上。本文(wén)的第一作(zuò)者為(wèi)史良玉博士研究生和王立剛副研究員，通訊作(zuò)者為(wèi)王立賢研究員和趙福平副研究員。該研究得到國(guó)家自然科(kē)學(xué)基金項目（No.31572357）和生豬現代産(chǎn)業技(jì )術體(tǐ)系（CARS-35）支持。

　　原文(wén)鏈接：https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-020-00447-0